NAPHA ble opprettet i 2008 for å øke kunnskapsgrunnlaget for det psykiske helsearbeidet i kommunene. Senteret arbeider med innsamling, systematisering og formidling. Senteret samarbeider med relevante fag- og kompetansemiljø og skal vurdere behov for tiltak som hever kompetansen i norske kommuner. Senteret skal legge vekt på sammenhenger mellom psykisk helse-feltet og rusfeltet. Kontakt med kommuner, ulike nettverk, brukerorganisasjoner og andre fagmiljøer er sentralt for NAPHAs arbeid.

Siden etableringen i 2008 har NAPHA ikke definert selvstendig forskningsaktivitet som sin kjerneoppgave, men har utviklet samarbeid og kontakt med flere forskningsmiljøer. Dette innebærer at senteret er involvert i flere eksternfinansierte forskningsprosjekter. Som en del av NTNU Samfunnsforsknings strategiske satsing på kommunalt psykisk helsearbeid, ble det 1. august 2021 etablert en ny forskningsavdeling. Det ble samtidig rekruttert en forskningssjef for avdelingen. Satsingen vil utvikles i samarbeid med andre avdelinger i instituttet, i tillegg til samarbeid med eksterne miljøer.

På sikt er det et mål at forskningen skal ha en bred tilnærming, der brukere, mestring og folkehelse står sentralt. Aktuelle forskningstemaer kan være relatert til personer med langvarige og sammensatte psykiske helse- og rusutfordringer, pårørendesamarbeid, frivillige tiltak, samhandling og organisering av tjenestene.